杀菌是饮料加工的重要环节。饮料杀菌不同于医学和生物杀菌。饮料杀菌有两个含义:一是要求杀死饮料中污染的致病菌和腐败菌，破坏食物中的酶，使饮料在特定环境下，如封闭的瓶子、罐子或其他包装容器，有一定的保质期；二是要求饮料中的营养和风味在杀菌过程中得到尽可能的保护。

饮料杀菌有物理杀菌和化学杀菌两种。化学杀菌法使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠等杀菌剂。由于化学杀菌有化学残留物等影响，现代食品杀菌法倾向于物理杀菌法。物理杀菌分为热杀菌和冷杀菌。热杀菌法分为热杀菌法、干热杀菌法、微波杀菌法和远红外线加热杀菌法。冷杀菌法分为紫外线辐射杀菌法、电离辐射杀菌法和冷冻杀菌法。湿热灭菌方法分为巴氏灭菌法、高温短时灭菌法和超高温瞬时灭菌法。巴氏杀菌(pasteurization)是一种低温长时间杀菌方法，杀菌温度低于100℃，保温时间为30分钟。HTST杀菌温度一般在100℃以下，牛奶HTST杀菌温度为85℃，维持在15s以上。超高温瞬时灭菌法(UHT)，灭菌温度在120℃以上，仅持续数秒。HTST和UHT杀菌不仅效率高，而且食品的结构、外观、营养和风味都优于其他杀菌方法。

根据上述杀菌方法，相应开发的饮料杀菌机种类繁多，按被处理材料的形式分为以下三类:

(1)流体饮料杀菌设备流体饮料是指未包装的乳制品、果汁等材料。处理这种材料的杀菌设备有直接式和间接式。直接式是用蒸汽直接喷入材料进行杀菌。间接式用板、管热交换器杀菌饮料。

(2)罐装饮料的灭菌设备罐装饮料和瓶装饮料等包装容器的饮料，处理这种材料的灭菌设备根据灭菌温度分为常压灭菌设备和加压灭菌设备。常压灭菌设备的灭菌温度低于100℃，用于杀菌酸碱度小于4.5的饮料产品。罐头杀菌设备采用巴氏杀菌原理设计。压力灭菌设备一般在封闭设备内进行，压力大于0.1兆帕，温度一般在120℃左右。常压和加压杀菌设备在操作上亦可分为间歇式和连续式。根据杀菌设备所用热源不同又可分为直接蒸汽加热杀菌设备、加水加热杀菌设备、火焰连续杀菌机等。

(3)使用电磁波的物理消毒设备。这种消毒设备是利用微波、远红外线、紫外线等物理辐射加热消毒的，是一种有前途的消毒设备。